1966年5月，“文化大革命”开始。6月初，学校受到冲击，被迫停课。部分领导和老师被揪斗，有的被关进了“牛棚”，档案室、仪器室和保管室遭到洗劫，大部分师生被迫离校。1969年春，学校奉命停办，教学用具、图书及其他财物散失殆尽，校舍被占用。1970年下半年，学校恢复招生，举办工农兵医卫学员班。1972后，又招收三届工农兵学员，还办了几期中学教师培训班。